חלוקת הקרקעות בעמק בתחילת המאה הקודמת, בה לכל קיבוץ יש שטחים הפזורים בכל העמק, הובילה למימוש הרעיון להתאחד בנושא המים. האיחוד הזה הוליד בשנת 1978 את הקמת אגודת המים עמק הירדן במתכונתה הנוכחית, וחברים בה 12 קיבוצים בדרום עמק הירדן המוניציפאלי: דגניה א’, דגניה ב’, תל קציר, כנרת, אשדות יעקב איחוד ומאוחד, אפיקים בית זרע, אלומות, מעגן, מסדה ושער הגולן.

הקמת אגודת המים נועדה לאפשר לחקלאי הקיבוצים השותפים לייצר תשתית יעילה של התמודדות עם אתגרי האזור בכל ההיבטים – הפקת המים מכל מקור מים אפשרי, הולכת המים לשטחים המיועדים בטכניקות מגוונות, התמודדות עם מליחות משתנה והצורך לספק מים בהפרשי גובה אדירים והכל בכפיפות לעלות מים שתאפשר חקלאות תחרותית ומפרנסת באמצעות 6 תחנות שאיבה השואבות מ- 3 מקורות מים הירמוך, הירדן והכנרת נשאבים המים ל- 13 מאגרים תפעוליים ובעזרת 15 תחנות להגברת לחץ נשאבים המים בלחץ לשטחי עמק הירדן, רמת פורייה, ובקעת יבנאל, רמת סירין, גליל תחתון, מושבה מנחמיה ועמק המעיינות. האגודה מספקת כ- 60 מיליון מ”ק בשנה לכ- 100,000 דונם שטחי חקלאות.

חלוקת הקרקעות בעמק הירדן, שהתבצעה במשך עשרות שנים, בין קיבוצים שעלו על הקרקע בשנים שונות, בקצב לא אחיד של רכישת קרקעות וגאולתם, פינוי אדמות והכשרתן, הביאו למצב בו אין לקיבוצי עמק הירדן משבצת אחת אינטגרלית של קרקע. שטחי העיבוד של הקיבוצים מפוזרים על פני כל העמק ומעורבבים זה בזה. מצב זה חייב את האגודה לפתח מערכות השקיה, דישון והספקה אחת לכלל המשקים ולכלל שטחי עמק הירדן הידועה בשם “ירדן 2000”, שהיא חלק אינטגרלי מהשירות שאגודת המים מספקת לחבריה. אגודת המים מסננת ומכלירה באופן שוטף וקבוע את כל המים לחקלאות על מנת לשפר את איכותם.

מערכת ההשקיה הנרחבת והמורכבת של אגודת המים, מבוקרת ומפוקחת ע”י מערכות השקיה, בקרה, מניה וחיוב משוכללות ביותר, אשר מתופעלות מתוך חדר בקרה מוגן המשמש גם כחמ”ל לשעת חירום.
אחריות האגודה לאספקת מים לחקלאות מתחילה במקורות המים (ירמוך, ירדן וכנרת) ומסתיימת למעשה בשטחי החקלאות של המשקים (טפטפות וממטרות).